Il Centro ha il compito di vigilare sulla tenuta delle liste di attesa, di fissare i criteri e le procedure per l'assegnazione degli organi con particolare riferimento alle urgenze, di stabilire il fabbisogno nazionale, e stilare le linee guida per i Centri di Coordinamento e Trapianto Il Centro svolge le sue funzioni con il sostegno della Consulta Tecnica Permanente per i Trapianti, che ha il compito di predisporre gli indirizzi tecnico-operativi per lo svolgimento delle attività di prelievo e di trapianto Insieme a questi due organismi sono istituiti i Centri regionali o interregionali di coordinamento, che hanno il compito di coordinare la raccolta, la trasmissione dei dati delle persone in attesa di trapianto, i rapporti tra i centri di rianimazione e le strutture per i prelievi e i trapianti e di procedere all'assegnazione degli organi sulla base dei criteri fissati dal Centro Nazionale.

Le Aziende Sanitarie Locali hanno il compito di nominare il coordinatore locale al prelievo, un medico responsabile del processo di donazione, prelievo e trapianto di organi e tessuti, cui spetta curare i rapporti con i famigliari dei donatori e al quale è possibile rivolgersi per ogni informazione.